宮古島市では、本市以外の医療機関で通院・入院を余儀なくされている難病患者等の経済的負担を軽減するため、渡航費等の一部助成制度を実施しています。対象者は宮古島市に住民票があり、特定疾患治療研究事業・小児慢性特定疾患治療研究事業の受給者証所持者、悪性新生物疾患患者、特定医療費（指定難病）受給者証所持者などです。助成額は航空路の場合は往復13,000円（片道6,500円）を上限とし、宿泊が必要な場合は1泊8,000円を限度に助成されます。
申請は受診日から6ヶ月以内、各年度1人6往復までとなっています。申請には助成申請書・意見書、助成金請求書、航空券の控え、医療機関の領収書のコピー、医療受給者証のコピーなどが必要です。
